2007年，農業部先后發布《無規定動物疫病區評估管理辦法》《無規定動物疫病區管理技術規范》等部門規章和技術文件，科學指導和推進無疫區建設和評估工作，標志著動物疫病區域化管理工作全面展開。

自2009年起，廣州從化無馬病區、海南免疫無口蹄疫區的相繼建成拉開了無疫區和無規定動物疫病生物安全隔離區（無疫小區）評估工作的序幕，運用區域化管理措施防控動物疫病的理念逐步深入人心。2010年以來，伴隨著農業部《關于加快推進動物疫病區域化管理工作的意見》的發布，《無規定動物疫病小區評估管理辦法》《無規定動物疫病小區管理技術規范》等陸續發布，區域化管理制度和標準體系日趨完善。

截至2022年2月，我國已建成廣東從化無馬病區、海南免疫無口蹄疫區、吉林永吉免疫無口蹄疫區、膠東半島免疫無口蹄疫區和無高致病性禽流感區、吉林省免疫無口蹄疫區、杭州桐廬無馬病區等7片無疫區。已建成115個非洲豬瘟無疫小區、6個布魯氏菌病無疫小區、6個高致病性禽流感無疫小區、3個新城疫無疫小區和1個牛結核病無疫小區，并且，越來越多的無疫區和無疫小區開展建設。區域化管理實踐對保障畜牧業健康發展、保護公共衛生安全、促進國內外動物及其產品貿易具有重要作用。